CHKO Poodří leží v Moravské Bráně na rozhraní dvou základních geologických celků naší republiky - Českého masivu a Západních Karpat. Samotná struktura Moravské brány pochází z třetihor. Tyto horniny však nevycházejí nikde na povrch a jsou překryty usazeninami čtvrtohor (kvartéru), během něhož byl dotvářen současný reliéf krajiny.

Celé území bylo v pleistocénu, tedy ve starších čtvrtohorách, v přímém dosahu kontinentálního pevninského ledovce. Ten v tzv. elsterském a v sálském zalednění pokrýval většinu území. Před čelem ledovce se při postupu k jihu a později při jeho ústupu usazovaly pestré (glacilakustrinní a glacifluviální) sedimenty. Dále proběhla řada erozních a akumulačních fází a konečně v závěru pleistocénu (visel) se ukládaly eolické spraše překrývající téměř beze zbytku předchozí uloženiny.

pískovna Kunín
Geologickou minulost Poodří lze vysledovat např. v kunínské pískovně (Zbyněk Sovík)

V nivě následně docházelo k dalším erozím a sedimentacím říčních štěrků, které pak byly v holocénu postupně převrstvovány povodňovými hlínami, tvořícími dnešní povrch nivy.