​​​​​​​​​CHKO je rozčleněna do čtyř zón ochrany přírody, podle kterých se řídí pravidla využívání území CHKO.​​​​

​​​​​​​​​​​​​​I. zóna 

Zahrnuje přírodovědecky nejcennější partie území.  Pro první zónu CHKO Jeseníky jsou charakteristické zbytky pralesovitých porostů a přírodě blízkých nebo člověkem málo pozměněných lesů, ekosystémy vysokohorského bezlesí a rašeliništní biotopy hlavního hřebene Hrubého Jeseníku a jeho bezprostředního okolí. Z pohledu krajinně-estetického se jedná o mimořádně hodnotná území.

​​​​​​​​​​​​​​II. zóna 

Druhá zóna je tvořena především hospodářským lesem a zemědělsky využívanou krajinou. Druhou zónu CHKO Jeseníky tvoří kromě hospodářských lesů s pozměněnou druhovou skladbou i prostorovou a věkovou strukturou, také zachovalá mozaika přírodě blízkých společenstev. Tato zóna vytváří rozsáhlé ochranné pásmo první zóny.

III. zóna

Třetí zóna CHKO Jeseníky je plošně nejrozsáhlejší a zahrnuje standardně obhospodařované lesní a luční ekosystémy. I zde se fragmentárně vyskytují přírodní a přírodě blízké biotopy, které jsou zpravidla podchycené jako biocentra či interakční prvky v rámci územního systému ekologické stability.

IV. zóna

Čtvrtá zóna zahrnuje zastavěná území obcí a plochy intenzivně obhospodařovaných luk a pastvin (dříve orná půda). Vymezení čtvrté zóny respektuje zastavěnou část jednotlivých sídelních útvarů zpravidla tak, jak jsou v katastrálních mapách vyznačené původní intravilány obcí.