Tento nástroj obecné ochrany přírody popisuje § 13 zákona o ochraně přírody a krajiny. Jde o území s dočasným nebo nepředvídaným výskytem významných rostlinných nebo živočišných druhů, nerostů nebo paleontologických nálezů. Takové území může být příslušným orgánem ochrany přírody (viz níže) vyhlášeno za přechodně chráněnou plochu, a to na předem stanovenou dobu či na opakované období. V opatření obecné povahy o vyhlášení přechodně chráněné plochy se omezí takové využití území, které by znamenalo zničení, poškození nebo rušení vývoje předmětu ochrany. Přechodně chráněnou plochu lze vyhlásit též z jiných vážných důvodů, zejména vědeckých, studijních či informačních.

Pokud vznikne vlastníku či nájemci pozemku v důsledku ochranných podmínek přechodně chráněné plochy újma nikoliv nepatrná, přísluší mu na jeho žádost finanční náhrada od orgánu ochrany přírody, který přechodně chráněnou plochu vyhlásil. Orgán ochrany přírody při rozhodování o výši finanční náhrady může požadovat doložení žádosti doklady či údaji o výnosu pozemku.

Příslušné orgány ochrany přírody pro přechodně chráněné plochy jsou:

  • obecní úřady obcí s rozšířenou působností (mimo zvláště chráněná území a jejich ochranná pásma),
  • krajské úřady (v přírodních rezervacích a přírodních památkách a jejich ochranných pásmech)
  • správy národních parků (na území NP a jejich ochranných pásem),
  • AOPK ČR (na území CHKO a národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a jejich ochranných pásem),
  • újezdní úřady (na území vojenských újezdů).